atomを先日購入したのですが...

E軸のドライバを買い直したところ
きちんと作動しました。

E軸が動作しない原因はいくつか考えられますので、状況を切り分けてお書きになった方が詳しい方の回答が得られやすいと思います。

ちなみに他のトピックを見て回ったのですが、「pronterfaceで出力時、フィラメントが出ない」トピックでファームウェアのタイプ設定のミスがあると、ホットエンドが動作してもE軸のモーターが回らないと書いてありました。

他にも、たとえば、Pronterfaceでモニターされているホットエンドの温度は何度なのかなど。
もし220度にセットしてもここが上昇しない場合はヒーターかサーミスタが故障している可能性があり、ヒーターが故障して温度が上昇していない場合はE軸は動作しないと思います。
他にも、コネクタが刺さっていない、コネクタは刺さっているがケーブルが断線している、そもそもモーターが不良品（滅多にないのですが、わたしはこのケースに当たりました）、モータードライバが刺さっていないか接触不良などなど、かなりいろいろな原因が考えられます。
ちなみに、atomはワークショップで手に入れられましたか？
もしワークショップ組だとしたら、動作テストは行ったはずなので、そこで動作したかどうかも大きな切り分けポイントになると思います。